El certificado de Origen cumple una función muy importante en el comercio internacional ya que acredita que la mercancía ha sido fabricada en el país que emitió el certificado, logrando de esta manera que los productos puedan acceder a los regímenes preferenciales y a la aplicación de los aranceles que les corresponden.
Visto que es un documento que certifica el origen específico de la mercancía debe estar separado de otros documentos. Es importante que en el certificado coincida la descripción que se hace de la mercancía con lo informado en la factura comercial y la lista de contenidos.
Habitualmente este certificado tiene una validez ilimitada, siempre y cuando no haya modificaciones en los datos y en las condiciones originales. Igualmente no es aconsejable que pase un tiempo demasiado largo entre la fecha de emisión y la fecha de expedición de la mercadería, ya que puede generar inconvenientes en el país de importación.
En el caso de que no se presente el certificado de origen, la aduana de importación puede excepcionalmente, aceptar el despacho de una mercadería.
En este caso, se aplicará uno de origen no preferencial, sin ningún beneficio. Luego de realizado el despacho, el exportador puede solicitar que se emita un certificado para presentar en la aduana de importación, para recibir el beneficio con carácter excepcional, del tratamiento arancelario más favorable que corresponde al país de origen de la mercadería.